1.Tom has an uncle who lives in Tokyo.
2.Tom has an uncle, who lives in Tokyo.
1番は制限用法の文、2番は非制限用法の文です。
1番の文ではan uncleを限定的に修飾しています。言い方を変えると、1番の文の場合、ここで言及されているおじ以外にもトムにおじがいる可能性が残されています。
対して2番の非制限用法の文は、先の文を後ろの文が補足的に説明しています。つまり、最初の文でトムにはおじが1人だけいることが述べられていて、補足説明として彼が東京に住んでいることが述べられています。